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凤凰彩票“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件

时间:2021-05-28 03:24 点击次数:
 

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各人在阅读高分文献时,是不是会常常发明像下面这些让人过目成诵的卵白质布局图。

像这样的:


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这些图都是可以用PyMOL这个软件做出来的,那么什么是PyMOL呢?软件以Py+MOL定名:“Py”暗示它是由一种计较机语言Python所衍生出来的,“MOL”暗示它是用于显示分子(英文为molecule)布局的软件。它是一个开放源码,凤凰彩票,由Warren Lyford DeLano编写,而且由DeLano Scientific LLC将它贸易化。


01

  界面先容  


各人打开PyMOL后,会看到下图所示的界面

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这个界面分为2个窗口,上面的我们叫它外部GUI窗口(External GUI)下面的部门我们称之为Viewer窗口。Viewer窗口又分为阁下两块,左边用来显示布局图像(viewer),右边则是一个内部GUI窗口(Internal GUI)。Viewer自身包括了一个呼吁行(我们可以看到左下角的PyMOL>提示符),可以用来输入PyMOL呼吁;在Internal GUI的右上角我们可以看到五个用差异颜色区分隔来的按键,A、S、H、L、C别离暗示Action、Show、Hide、Label、Color五个单词。对应的寄义我会在后续的实例中演示给各人。


02  根基操纵 


卵白文件的根基名目是PDB,我们可以从这个网站上下载到,以1kim这个胸腺嘧啶核苷酸激酶的布局为例和各人讲授一下pdb文件是奈何显示的。加载这个文件有三种要领:在External GUI中选择File > Open,可能利用呼吁行:load

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获得下面这个图像:

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这样的图像并不能清楚地显示卵白质的二级布局,我们可以通过以下的路径让它显示得更清楚一些。点击S>as>cartoon,整个卵白就以α螺旋和β折叠的形式显示出来可是全部都是绿色。

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此时会感受依然并没有清晰地分隔,我们可以通过下面路径举办颜色上的区分,点击C>by ss> Helix Sheet Loop,这样就可以对差异的二级布局举办着色。(SS即secondary structure)

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各人在文献里看到的卵白布局的配景致一般都是白色的,可是PyMOL默认的配景致是玄色的,我们怎么把配景致调解为白色呢?各人可以试着如下图一样操纵,在External GUI的上半部门窗口菜单内点击Display> Background> White,获得以下图像。

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大概会发明形成的图像锯齿严重,那么怎么改变这个现象呢?我们可以试着操作PyMOL自带的美化措施,对图像举办渲染。如下图操纵,点击右上角Draw/Ray,选择Ray,对图片举办渲染,并可以对图像判别坦白接举办调解获得美化后的图像(配景透明,可以直接导入PS对图像举办进一步编辑)。

假如电脑的设置不足,我们还可以选择占用系统资源少,速度更快的Draw,获得下图。

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在调解完毕后,可以直接举办生存图像,一般生存两种形式,一种是PNG的图片形式,一种是原有的PyMOL名目,今后可以在此基本上再举办修改。

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